虽然妊娠合并生殖器疱疹通常不会引发胎儿的畸形，通常会根据生殖器疱疹的发生时期以及症状表现，给予不同的处理措施。孕晚期发生的生殖器疱疹，尤其是接近分娩时，如果没有积极治疗，胎儿经过产道分娩，可能会引发新生儿疱疹感染，从而导致新生儿出现相关问题。
妊娠早期合并生殖器疱疹，如果没有明显不适症状，可暂时不予处理，但需避免性生活，以防交叉感染。妊娠晚期合并生殖器疱疹，建议遵医嘱积极进行抗病毒治疗，常用治疗药物有阿昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒药物，这些药物在妊娠晚期可安全服用，通常不会对胎儿产生危害。
另外，患者还可选择局部应用抗病毒软膏进行治疗。妊娠早中期合并生殖器疱疹，如果有较明显的症状，也可局部涂抹抗病毒药物治疗，比如干扰素软膏、阿昔洛韦乳膏等，用药谨遵医嘱。