二陈丸和六君子丸的区别是成分不同，功效不同。二陈丸是由半夏、甘草、陈皮、茯苓组成。有燥湿化痰，理气和胃的功效，用于治疗痰湿表现出的咳嗽反复发作、咳声重浊、痰多、色白或带灰色，慢性疾病及孕妇慎用。
六君子丸是由党参、白术、茯苓、半夏、陈皮、甘草、生姜、大枣组成。有益气健脾、行气化痰之功，用于脾胃虚弱.食量不多、气虚痰多、腹胀便溏，过敏体质及孕妇慎用。
以上药物需在医生指导下进行使用，不可自行使用，以免产生不良反应。