扁平疣可以通过外用药物、口服药物以及物理疗法进行治疗，具体分析如下：
1、外用药物：可局部使用维A酸软膏、咪喹莫特、干扰素凝胶、肽丁胺霜等药物涂抹，对于扁平疣有很好的治疗效果。
2、口服药物：可在外用药物同时口服转移因子胶囊、胸腺肽肠溶胶囊提高免疫力，避免反复发作。
3、物理疗法：对于通过以上方法治疗效果不佳时，可采取冷冻疗法以及激光治疗进行去除疣体。建议患者应尽早积极配合医生治疗，并遵医嘱使用药物。