香砂六君丸的功效为益气健脾、和胃，常用于治疗脾虚气滞、消化不良、打嗝、食欲不佳、脘腹胀满、大便溏泄、少气乏力，还具有调节胃液分泌保护胃黏膜的作用，以及调节胃肠运动的作用。
香砂六君丸阴虚内热、胃痛、湿热痞满、泄泻的患者要慎重使用。用药期间忌食生冷、油腻、不易消化、辛辣刺激的食物，戒烟戒酒。
高血压、心脏病、糖尿病等慢病患者，应该在医师的指导下服用。