乳腺癌的免疫组化指标包括：ER、PR、C-erbB2、P53、Ki-67等。在乳腺癌细胞及正常乳腺上皮细胞核内均有ER、PR的表达；
C-erbB-2为具有酪氨酶蛋白激酶活性的跨膜蛋白，可在调节细胞生长、增殖、分化及生存中发挥重要作用，该指标在通常情况下常处于非激活状态，当被激活时则具有肿瘤转化活性，且其表达与乳腺癌分级、淋巴结转移和临床分期呈正相关，表达率越高，预后可能也就越差。
P53为肿瘤中最易发生突变的抑癌基因，其表达水平可在一定程度上反映肿瘤良恶性，P53突变率高的乳腺癌细胞增殖活力强、分化差、恶性度高、侵袭性强和淋巴结转移率高；
Ki-67表达能够较好地反映肿瘤细胞增殖活性，且与恶性肿瘤的转移、发展及预后均密切相关，尤其是与淋巴结转移阴性患者的预后相关，有助于确定其是否采用辅助性化学治疗。