内分泌性突眼治疗方法有一般治疗、药物治疗、手术治疗、放射治疗等。
1、一般治疗：内分泌性眼球突出患者如果伴有甲状腺疾病时，在应用抗甲状腺药物控制甲亢出现甲减时，应用甲状腺片可减轻突眼。睡眠时可以高抬头部，以减轻眼部肿胀。也可以通过戴茶色镜，使用人工泪液，夜间涂眼膏、戴眼罩、来防止外界刺激。
2、药物治疗：糖皮质激素：患有内分泌性眼球突出的患者眼部治疗，应首先使用糖皮质激素抑制炎症。有禁忌症者可使用免疫抑制剂。糖皮质激素的副作用是会使血压增高，导致消化道出血、感染及精神症状等，服药期间要加服钾盐和抗酸剂，同时注意监测血压、血糖以及大便潜血。
3、手术治疗：主要目的是保护视神经及角膜(眼眶减压手术，其次是维持双眼单视(眼外肌手术)及恢复美观(眼睑手术，严重者需要行紧急开眶减压术或眼睑缝合术等。
4、放射治疗：眶后X线照射治疗可有效改善内分泌性眼球突出。垂体照射目前在临床上已很少应用。