生殖器底部有水泡，常见的原因包括下列几种：
1、生殖器疱疹病毒感染：生殖器疱疹病毒感染是性传播疾病，通常表现为外阴有大小不等的水疱，呈簇状，有时疼痛。如果确诊生殖器疱疹，应该去医院治疗，口服抗病毒药物，同时注意性健康、同房带套、避免多个性伴侣。
2、外阴湿疹：表现为剧烈痒，并且有红斑、水肿、丘疹，或者是水疱聚集，水疱破了可以形成溃疡面，然后结痂，外阴湿疹应该到医院去治疗。可遵医嘱使用氧化锌软膏、氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药进行治疗。
3、外阴水泡：原因是外阴过敏，可能接触到了过敏原、阴道局部用药，或者口服药物都有可能引起过敏。这种过敏通常可能不只是外阴水疱，其他部位的皮肤也可能起水疱，对这种情况需要找到过敏原，或者停用引起过敏的药物。