巧克力囊肿主要是通过B超检查结果来做初步判断。通常患有巧克力囊肿是，会出现下腹痛、痛经、经期发热等多种症状。除了做B超检查，还要结合腹腔镜下探查术，以及病理学检查。
巧克力囊肿如果抽血检查CA125，可能会出现轻度增高的症状，建议尽快手术治疗。手术之后由于具有复发性，如果计划怀孕，建议在术后尽快考虑怀孕，并一定要定期复查。
日常一定要注意月经期卫生，月经期禁止性生活，可防止经血逆流，从而预防子宫内膜异位。