48小时核酸检测通常是从采集标本的时间起算。核酸检测是通过采集鼻咽部或者咽喉部位的分泌物，进行实验室检查，得到检测结果后就可以生成检测报告。
一般情况下48小时核酸证明是指从采样时间算起，48小时之内有效。但有的时候可能会出现假阳性的情况。如果需人外门的人群，建议先咨询当地的防疫制度再出行。