眼部扁平疣的去除方法以药物治疗和物理治疗为主。 扁平疣是由HPV感染引起的病毒性皮肤病，具有传染性，治疗方法如下：
1、药物治疗：眼部有扁平疣的患者可以在医生指导下使用维A酸类、阿昔洛韦软膏等药物，调节细胞免疫以及上皮细胞增殖，改善症状。患者还可以使用干扰素凝胶，抑制病毒复制，用药谨遵医嘱。
2、物理治疗：眼部有扁平疣的患者可以接受脉冲染料激光治疗，通过高温使皮损组织坏死、脱落，达到去除扁平疣的目的。患者还可以接受冷冻治疗，但是通常需要多次重复治疗才可去除扁平疣。 在恢复期间，避免吃辛辣刺激及海鲜类的食物，不要用手揉眼睛，保持眼部卫生，保持充足的睡眠。避免抓挠，防止皮损扩散。