做肠镜是否痛苦与肠镜的方式，患者的体质以及检查医生的操作技术有关。首先如果患者担心普通结肠镜检查有不适感，可以选择无痛结肠镜检查，这种检查方式完全不会有不舒服的感觉。
其次对于多数患者来说，肠镜的检查过程都会很好耐受的。有少部分患者会有不同程度的不适感。另外结肠镜操作熟练的医生，检查所需时间会更短一些，不舒服的感觉也会更小一些。
当做肠镜时，建议患者在专业医生的指导下进行。