吃酵素梅的副作用是会影响营养吸收，排出的大便会特别稀但不会出现腹痛，与一般腹痛不同。身体会出现不明原因的瘙痒，尤其是肝肾功能有障碍的人会特别明显，但停止服用后消失。
胃部还会有明显的灼痛感觉，是由于刺激导致的，但很快会消失。酵素梅不可以乱吃，尤其是针对处于正在发育期的儿童不可以使用，怀孕和哺乳期的女性慎用。
用药遵医嘱。