生殖器疱疹可以用抗病毒的药物以及杀病毒的药物，抗病毒的药物，如阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦等，杀病毒的药物主要是用干扰素，局部有疱疹，特别是破溃时涂α-2b干扰素凝胶最好，疱疹破溃以后，含大量病毒，涂α-2b干扰素凝胶，在杀灭病毒的同时可以快速的让伤口、黏膜愈合。
如果继发细菌感染，可外用抗生素药膏（如夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏等），如疼痛明显者，可外用利多卡因软膏止痛。以上药物使用时谨遵医嘱，建议患者尽早前往医院就诊治疗，不要盲目服用药物，以免耽误病情。