由于剂型规格不同，阿卡波糖的服用方法也不同。比较常用的是阿卡波糖片，使用方法为用餐前即刻整片吞服或与前几口食物一起咀嚼服用。
不良反应常见腹胀和肠鸣音亢进，排气增多，偶有腹泻、腹痛等。对于阿卡波糖过敏者、怀孕及哺乳期妇女等人群需禁用。由于用药具有专业性，阿卡波糖的服用需在医生的指导下进行，不可私自用药或者调整用量，以免产生副作用。