前列腺囊肿是由于前列腺腺体先天性或者后天性的原因而发生的囊样改变。先天性囊肿为副肾管退化不全，在正中线融合膀胱下形成很深的隙细或者囊肿，开口于前列腺尿道的后方。
后天性前列腺囊肿，是由于坚韧的前列腺基质导致腺泡不完全或者间隔性梗阻，间隔性梗阻逐渐使腺泡上皮变厚，最终发展成为滞留性囊肿，可位于前列腺内的任何部位。