非勃起状态下的阴茎疼痛，多见于膀胱和尿道的急慢性炎症，表现为排尿中或排尿后尿道灼热感或针刺样痛，尿道炎症常常可以伴有尿道分泌物。
尿道结石可以引起排尿时明显的疼痛，可以放射至阴茎头，可以伴有排尿困难、尿线滴沥、排尿中断、尿潴留。包皮嵌顿往往发生在阴茎勃起的时候，可以引起阴茎的剧烈疼痛，同时阴茎头呈淤血状，冠状沟静脉怒张。
如果又有勃起疼痛，又有阴茎硬结，考虑阴茎硬结症。