扁桃体炎的原因有好多，有的是考虑与自身免疫力低有关系的，中医认为多是肺气虚导致的。如果是反复出现化脓性扁桃体炎的话是要进行手术治疗的，否则平时注意体育锻炼，增强体质，积极预防感冒发生就可以的。
还有的是百分之七十是病毒感染，像鼻病毒、冠状病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、肠病毒等。其余少数是细菌性感染引起的。
病毒感染后易继发细菌感染。