硫酸氨基葡萄糖的危害有：胃肠道的炎症性疾病，有可能会导致胃肠道严重加重，甚至出现溃疡穿孔，出现恶心，便秘，腹痛，腹胀，腹泻；
有过敏体质的患者，有可能会出现过敏反应，包括皮疹，皮肤出现红斑以及全身性的皮肤瘙痒；还容易导致嗜睡，但是这些危害都是比较轻微的，也不会引起生命危险。
硫酸氨基葡萄糖主要治疗一些膝关节的骨性关节炎症，它的危害一般来讲是比较少的。