肝内胆管结石可以进行肝部分切除术，对于局限于肝段、肝叶的结石病变，特别是存在肝脏局部萎缩、肝功能丧失等情况，可以采取肝切除术，将病变切除从而治愈病变，也降低肝癌病变的发生概率。
也可以进行肝移植手术，部分患者，也可以考虑肝移植手术。还可以进行胆管切开取石术，这是最常用也是最基本的手术方案。
另外还有胆肠吻合术，对于高位肝管切开取石患者，为了防止术后狭窄情况发生以及结石病变复发，可以采取胆管空肠吻合内引流术。