直肠炎根据不同病因会有不同的治疗方法：如果患者直肠炎是由于放射性的照射或者局部的损伤引起，需要给予对症的消炎止痛治疗，病情严重时需要给予内镜治疗或者手术治疗。
如果直肠炎是由于微生物的感染所导致的，例如常见的细菌、病毒、真菌等，应当根据不同的微生物培养结果，针对性的进行抗感染治疗。
如果患者是由于自身免疫紊乱引起来的，例如溃疡性的结肠炎、克罗恩病，应当给予免疫抑制药物或者手术治疗。