其治疗依病变范围和严重程度而定，主要包括一般治疗、营养支持治疗、对症治疗和药物治疗。
1.一般治疗：本病与胃肠道营养的关系密切，患者可能存在多种营养物质的缺乏，因此患者需要采取合理调整饮食的方式辅助治疗疾病。 （1）发作期给以流汁饮食，严重者应禁食，通过静脉给予营养治疗，使肠道获得休息。 （2）暴发型和急性发作期患者应卧床休息，精神过度紧张者可适当给予镇静药；腹痛或腹泻明显者可给予少量阿托品、山莨菪碱（654-2）等药物。 （3）有贫血、失水、营养不良等重症或久病患者，应酌情输血、补液及全身性支持治疗。
2.药物治疗： 首选胃肠道不易吸收的磺胺类药，其中以柳氮磺吡啶效果最佳。另一种为缓释剂型，如美沙拉秦，其在胃肠道释放呈时间依赖性，从十二指肠开始一直到结肠。 有继发感染者可用青霉素、氯霉素、庆大霉素、头孢菌素等，为了避免加重胃肠道症状，一般选择静脉用药。 若磺胺类药物治疗无效，或急性发作期患者，还可以使用激素药物，比如泼尼松、甲泼尼龙等。 每一个慢性非特异性溃疡性结肠炎患者病变的部位及实际病情有一定的差异性，所以具体的治疗方案和用药一定要在专业的医生指导下来进行。