治疗萎缩性胃炎没有特效药这一说，主要是用药延缓或组织病变进展，改善临床症状。常用的有：质子泵抑制剂、促进胃动力的药物、保护胃黏膜的药物等。需要在医生的指导下用药。
1、质子泵抑制剂：如奥美拉唑（对于奥美拉唑过敏的患者、严重肾功能不全的患者、婴幼儿禁用）、兰索拉唑（对本分过敏者禁用）等或者h2受体拮抗剂，如西米替丁（过敏者、孕妇、儿童及哺乳期妇女禁用）等，用于抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的刺激。
2、促进胃动力的药物：如多潘立酮（对本成分过敏者、哺乳期妇女、心脏病者禁用）、莫沙必利（孕妇、哺乳期妇女、儿童、老人以及肝、肾功能不全的人群均不宜服用）等可以加快食物的分解和吸收，从而减轻胃的负荷。
3、保护胃黏膜的药物：如硫糖铝（对本品或制剂中的任何成分过敏者、早产儿及新生儿禁用；孕妇及哺乳期妇女慎用。）等这些药物可以在胃黏膜上起到一层薄薄的保护膜，减轻胃酸或刺激性的食物对胃黏膜的刺激。建议患者根据自身的病情和身体状态，听从专业医生的意见进行规范的诊治。