肛门痛需要根据具体病因，采用合适的药物。
1、肛裂：可以应用药膏，如复方利多卡因乳膏、银离子痔疮抑菌凝胶，一方面可以止痛，另一方面可以促进创面愈合，或者用太宁软膏、马应龙痔疮膏等。
2、内痔：需要手术治疗，另外再辅助治疗痔疮的药膏，或口服减轻静脉曲张、水肿的药物。
3、肛周脓肿：肛门周围有炎症、脓肿，则需要手术治疗，再辅助抗生素，即消炎药，一般要用头孢类抗生素，辅助奥硝唑、甲硝唑类的抗厌氧菌的药物。
4、肿瘤：肛门周围出现肛管癌、恶性黑色素瘤等，需要手术治疗或放疗。
5、炎性或血栓性外痔：一般需要手术治疗。 如果肛门疼的症状持续，建议尽早就医诊治。