如果肝脓肿较小时，未液化情况下，可用抗菌素治疗，在抗菌素治疗的同时，可选择进行血液培养，根据血液培养的结果调整抗生素的治疗方案。
如果脓肿较大，出现畏寒发热或全身各个器官损害的情况下，需根据情况进行全身的支持治疗，包括液体的补充、营养的支持。
如果在超声引导下，进行经皮、经肝穿刺置管引流，同时也可取肝脓肿液进行培养，等待培养的结果，进行全身抗生素的调整。
如果脓肿是多发的，分房的，考虑一次性无法完全充分引流的情况下，亦可选择开腹或腹腔镜下切开引流。