艾灸最好选择在白天进行，且在上午的时间段内进行艾灸治疗最好。人体的阳气，在凌晨时分开始逐渐行于阴气之外，以保证清晨睡醒后，人体可以进行正常的活动。
如果在白天的上午时段进行艾灸，刚好可以通过温热刺激，辅助身体阳气的升发和运行，使精神更加饱满。但是，当身体发生某些急性病症，需要使用艾灸治疗时，也是不必拘泥于时间的。
运用艾灸的方法进行养生保健时，也是可以在晚上进行的。艾灸后，因为身体毛孔会因为受热而处于张开状态，所以不可以立即洗澡，以免遭受寒湿邪气侵袭致病。