肠道益生菌一般无副作用，但如果用量过大或长期应用可能导致便秘、腹泻等症状。益生菌可改善肠道黏膜的屏障作用，抑制细菌及毒素，用于肠道菌群失调引起的腹泻、腹痛，用量过大会导致过度消化吸收，出现便秘症状；
还可引起新的肠道菌群失调，出现腹泻；长期应用还可造成免疫力低下，容易形成依赖性。建议在医生的专业指导下使用。