甲状腺囊肿的治疗方法，主要取决于囊肿大小。甲状腺囊肿较小，只需观察，无需治疗；如果囊肿增大到2.5cm以上或者出现压迫症状，可以通过穿刺，抽取囊内的液体，从而囊肿缩小，达到治疗的目的；
持续性、多发性的甲状腺囊肿患者，可进行手术治疗；如果囊肿体积大，导致出现局部压迫症状时候，可以考虑微创手术治疗，如射频消融，是一种新型的治疗方式。