人参健脾丸属于温性补益药，对于体质强健、阴虚内热、易上火的患者不宜服用，长期服用会引起上火、流鼻血、口渴、多汗等不良症状。
人参健脾丸也不适合感冒、发热的病人服用。高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性疾病严重的患者，应该在医生指导下使用，儿童、孕妇、哺乳期妇女应在医生指导下使用，过敏者，过敏体质禁用。