新生儿益生菌在新生儿吃奶后半个小时左右服用最好。益生菌具有良好的调节新生儿肠道菌群的作用，可以有效的改善肠道菌群紊乱，从而有利于新生儿胃肠功能的恢复。
如果新生儿在睡觉前或者空腹吃益生菌，有可能会造成新生儿肠道的不适。新生儿吃奶后半个小时左右服用益生菌，可以有效的避免益生菌造成的不良消化道症状。
新生儿益生菌也应该在孩子的菌群失调时吃才是最好的，正常情况下的新生儿是不用吃益生菌的。如果出现不适，建议及时就医。