腹式呼吸的危害主要是容易引起呼吸道疾病发生，因为腹式呼吸一般通过口腔进行吸气以及换气功能，而口腔相对于鼻腔没有鼻毛、鼻腔黏液等防御组织，空气中的细菌、病毒或者有害微颗粒物质，更为容易进入人体的呼吸系统，有可能会引起呼吸道病症的发生。
此外，腹式呼吸有时候会严重的影响到肺部的健康状况，所以腹式呼吸不宜过度。