幽门螺旋杆菌两次治疗失败可能跟服用的药物不正确，或是服用的药物时间短而导致的，此时应就继续服用药物进行治疗。临床上治疗幽门螺旋杆菌常见方法为三联杀菌治疗或四联杀菌治疗；
三联杀菌治疗是指用质子泵抑制剂与两种抗生素联合应用；四联杀菌治疗是指在三联杀菌治疗的基础上添加铋剂。具体选择哪一种药物，还要结合患者具体的情况，经济条件以及药物的耐药性来进行综合的选择，因为通常来说需要选择耐药性低的药物，这样根除成功的几率会相对高。
建议在医生的指导下规范用药。