小三阳患者可以办理健康证。根据现行的国家食品卫生安全保护法相关规定，乙肝已经不作为办理健康证的必检项目，虽然乙肝属于传染性疾病，但是，因为乙肝的主要传播途径是血液传播、性传播以及母婴垂直传播，而不属于肠道传染病，当肝功正常情况下，基本上不具有传染性。
所以对于小三阳的病人，需要进行肝功能的检查，如果肝功能异常的话，是不能办理健康证的，如果肝功能处于正常的水平，是可以正常办理健康证的。