月经干净后3天有褐色分泌物可能是回经所引起的，由于月经的经血来自于子宫内膜的脱落，脱落后又会再长出一层新的内膜，在这期间如果有房事，就会出现这种回经的现象，属于正常现象。
还有就是可能是存在子宫内膜息肉，由于子宫内膜局部过度增生所致，表现为突出于子宫腔内的单个或多个光滑肿物，蒂长短不一。
可引起不规则阴道流血。还可能是子宫肌瘤所引起的，子宫出血为子宫肌瘤最主要的症状，可表现为不具有月经周期性的不规则阴道流血，而出现月经走后第三天有褐色分泌物。
建议患者出现此症状时，应到医院就诊，查明病因，对症治疗。