做胃肠镜检查时不会有特别大的痛苦。进行胃镜检查时，患者可能出现干呕、恶心等不适症状；进行肠镜检查时，由于需要进行充气，患者可能出现一些腹胀、排便感等不适症状。
这些症状都是可以忍受的，现在临床上有无痛胃镜、肠镜检查，在静脉麻醉下进行，相当于在睡眠状态中进行检查。如果害怕不能承受，可选择无痛胃肠镜，费用会高一些。
如有不适及时就医。