明目地黄丸和杞菊地黄丸都是在六味地黄丸方子的基础上，对药方进行加减形成新的中药成方。杞菊地黄丸在六味地黄丸的基础上增加枸杞子、菊花，明目地黄丸在杞菊地黄丸的基础上又增加了石决明、蒺藜、磁石，它们的功效有一定区别。
明目地黄丸有滋肾养肝、明目的功效，对治疗眼睛疾病的效果更好；杞菊地黄丸有滋肾养肝的作用，用于肝肾亏虚导致的眩晕、耳鸣、羞明畏光、视物昏花等疾病的治疗。
杞菊地黄丸更侧重于滋阴和养肝；明目地黄丸适用于大部分眼睛疾病。如需用药谨遵医嘱。