临床上并没有长期吃黄连素的神奇功效的说法。黄连素具有抗菌的功效，可以用来治疗肠道感染、幽门螺杆菌感染等疾病。但是长期服用的话可能会破坏人体对维生素族及脂肪酸的吸收，也有的患者会出现肠道菌群失调、消化不良、肠道对营养吸收障碍、便秘等副作用。
另外需要注意的是过敏者需禁用，建议在医生的指导下规范用药。