阴茎上有小疙瘩常见以下原因导致的：
1.尖锐湿疣。由于人乳头瘤病毒感染导致，在阴茎、包皮或龟头出现如菜花样小疙瘩。
2.包皮龟头炎。小疙瘩以红色为主且仅轻微隆起于皮肤表面，同时还伴有阴茎或龟头的局部红肿。
3.阴茎珍珠疹。为发生在冠状沟周围形成凸起的小疙瘩，属于良性病变，不会对男健康产生影响，无需特殊治疗。 若患者出现阴茎上有小疙瘩的情况，建议及时就医，在医生的帮助下进行治疗，以免耽误病情。