由于个人体质不同，对药物的吸收效果等不同，所以消化不好并没有所谓的最好的药物，需要根据具体情况对症用药。常见的有健胃消食片、木香顺气丸等中成药，以及莫沙必利、多潘立酮等促胃肠动力的西药。
也可以服用复方消化酶胶囊、多酶片等消化酶制剂，加快胃肠部食物的分解，改善消化不良的症状。建议消化不好的患者及时就医治疗，药物需在医生指导下使用，以免产生副作用。