肚脐眼上方3-5厘米疼痛的原因，具体详情如下。首先有可能是十二指肠溃疡、胃溃疡、急、慢性胃肠炎等疾病引起的疼痛，其中胃溃疡患者引起的腹痛，通常会发生在饮食以后，而十二指肠溃疡的患者，一般是在饥饿时会疼痛。
其次当胰腺发生病变时，也会引起肚脐上方的疼痛，其中急性胰腺炎的疼痛很快会波及到整个腹部，会出现恶心、呕吐等症状。
当肚脐眼上方3-5厘米疼痛时，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。