肾结石的预防，重点是找到结石的病因，治疗病因或进行干预。如甲状旁腺肿瘤合并甲状旁腺机能亢进导致的肾结石，可以手术切除甲状旁腺腺瘤。肾盂输尿管连接部狭窄导致的肾结石应进行连接部成形手术。其他先天性、遗传性的代谢因素，要根据其具体病情进行相应的指导。饮食调整是预防结石复发的重要内容。对于草酸钙结石的病患，应当减少容易产生草酸的食物的摄入，如菠菜、苋菜、空心菜、芥菜等，避免摄入大量维生素。对于老年人，一般不限制补钙，但补钙应当在吃饭同时进行。菠菜与豆腐不能吃是没有道理的。现在，尿酸结石的发病率逐年增加，与现代人摄入过量的肉类和脂肪有关。尿酸结石的应少吃产生嘌呤的食品如动物内脏、海鲜、牛羊肉、煲汤、果仁等。饮水也是预防结石复发的重要一环。每日饮用4000ml以上液体，保持每日排出1500ml以上的尿液，使尿液保持非常稀释的状态。尿酸结石患者每日尿量建议在2000ml以上，胱氨酸结石患者每日尿量建议在3000ml以上。饮水的种类以白开水、纯净水、矿泉水为主，淡茶水、桔汁与西瓜都是好的摄水方式。要主动饮水，在一天中饮水要均匀分布。
首先应对症治疗。如绞痛发作时用止痛药物，若发现合并感染或梗阻，应根据具体情况先行控制感染，必要时行输尿管插管或肾盂造瘘，保证尿液引流通畅，以利控制感染，防止肾功能损害。同时积极寻找病因，按照不同成分和病因制定治疗和预防方案，从根本上解决问题，尽量防止结石复发。结石引起的尿路梗阻时容易发生感染，感染尿内常形成磷酸镁铵结石，这种恶性循环使病情加重。除积极取出结石解除梗阻外，应使用抗生素控制或预防尿路感染。