淋菌性尿道炎应与沙眼衣原体性尿道炎相鉴别。女性淋菌性宫颈炎应与沙眼衣原体性宫颈炎鉴别。由于淋菌性宫颈炎可出现阴道分泌物异常等症状，因此还应该与阴道滴虫病、外阴阴道念珠菌病和细菌性阴道病鉴别。确定病情后要积极治疗，治疗方案如下：
1.治疗原则：（1）尽早确诊，及时治疗首先，患病后应尽早确立诊断，在确诊前不应随意治疗。其次，确诊后应立即治疗。（2）明确临床类型判断是否有合并症。明确临床分型对正确地指导治疗极其重要。（3）明确有无耐药明确是否耐青霉素，耐四环素等，有助于正确地指导治疗。（4）明确是否合并衣原体或支原体感染若合并衣原体或支原体感染时，应拟订联合药物治疗方案。（5）正确、足量、规则、全面治疗应选择对淋球菌最敏感的药物进行治疗。药量要充足，疗程要正规，用药方法要正确。（6）严格考核疗效并追踪观察应当严格掌握治愈标准，坚持疗效考核。只有达到治愈标准后，才能判断为痊愈，以防复发。治愈者应坚持定期复查。（7）同时检查、治疗其性伴侣患者夫妻或性伴侣双方应同时接受检查和治疗。
2.一般注意事项：未治愈前禁止性行为。注意休息，有合并症者须维持水、电解质、碳水化合物的平衡。注意阴部局部卫生。
3.全身疗法：对于无并发症淋病，如淋菌性尿道炎、宫颈炎、直肠炎，给予头孢曲松，肌注，单次给药；或大观霉素肌注，单次给药；或头孢噻肟肌注，单次给药。次选方案为其他第三代头孢菌素类，如已证明其疗效较好，亦可选作替代药物。如果沙眼衣原体感染不能排除，加上抗沙眼衣原体感染药物。
成年淋病患者就诊时，应要求其性伴进行检查和治疗。在症状发作期间或确诊前2个月内与患者有过性接触的所有性伴，都应作淋球菌和沙眼衣原体感染的检查和治疗。