原发性肝癌病理上最重要的是三种类型，一种是发生于肝细胞称为肝癌，另外一种是发生于肝胆管内皮细胞的称为胆管癌，也称为肝内胆管癌，三就是混合类型的肝癌。
原发性肝癌中还有些少见类型肝癌，如透明细胞型、巨细胞型、硬化型和肝纤维板层癌。按肿瘤的形态原发性肝癌又可分为三种，结节型、巨块型和弥漫型。
随着原发性肝癌早期诊断、早期治疗和肝外科手术技术的进步，总体疗效有所提高。