原发性肝癌肝内转移时最易侵犯的部位是肝内，其主要是通过门静脉进行肝内播散。这也是造成原发性肝癌多发癌灶，以及手术切除后早期复发的最主要原因。
此外原发性肝癌还可以通过血液转移至肺、骨、脑，引起相应的临床症状。原发性肝癌很少通过淋巴结进行转移，但是可以通过直接浸润方式侵犯周围的器官。
其可以侵犯胃、十二指肠、结肠、胆囊等。