直肠神经内分泌肿瘤如果切除不干净，可在切除半年左右进行复查，根据具体情况选择治疗方法。直肠神经内分泌肿瘤如果是小于一公分、一级和T1期的肿瘤，本身恶性度非常低。
而且在内镜下切除时，往往基底部位经过电烧灼，即便残留肿瘤，可能已经被切除干净。所以，这种情况下的病人即便没有切除干净，实际上问题都不是很大，病人也不需要过度紧张，可以选择半年左右去重新复查肠镜。
如果肠镜下面再次活检还有残留肿瘤，可以第二次进行肠镜下切除。一般不主张及时切除，容易出现出血或是肠穿孔的情况，可以等肠道切除部位长的好一点之后再考虑二次手术。