阴茎根部疼痛的原因如下：
1、前列腺炎等病引起：可能是泌尿系统受到了传染而引起了尿道里面有渗出物存在。
2、性生活过于频繁：可能男性朋友过于频繁的性生活导致的，所以要有节制的进行性生活。 平时生活中要注意局部的卫生问题，保持干燥的状态，还要注意自己的饮食。建议及时到医院进行相关检查并接受治疗，以免耽误病情，错过最佳治疗时机。