鱼腥草具有解热、抗炎、抗菌等作用，用于治疗病毒性肠炎、溃疡性结肠炎。还具有清热解毒、利尿通淋、消痈排脓的功效，其中的有效成分对痰热喘咳、肺痈吐脓、痈肿疮毒、热淋、热痢等有治疗作用。
此外，新鲜鱼腥草捣烂取汁，滴入鼻中，可以治疗慢性鼻窦炎。虚寒证及阴性疮疡者，不可以使用鱼腥草。使用药物建议在专科医生的指导下进行治疗。