眼部扁平疣的治疗方法有以下几种：
1、口服药物：可以口服抗病毒药物如病毒灵、泛昔洛韦等，也可以服用具有提高免疫力效果的药物，如溶菌霉、左旋咪唑或者维生素A2等。
2、局部外用药物：去除扁平疣也可以使用外用药膏如氟尿嘧啶软膏、金霉素软膏可以有效去疣。0维甲酸软膏和雷锁辛溶液都适合使用。 眼部扁平疣用手抓过后会出现红斑，患者不会感觉疼痛和瘙痒，却会影响美观。如果发现眼部出现扁平疣，请及时就医，用药谨遵医嘱。