指甲盖根部凹陷的治疗方法如下：
1、由于外伤导致的，需要服用化瘀生肌的药物。
2、由于细菌感染引起的指甲炎症，需要涂抹一些抗真菌性的药物。
3、先天性的缺乏某种维生素，指甲营养不良，而引起指甲有效物质缺乏引起凹陷，则需要足量补充维生素。 建议去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，以免耽误病情，错过最佳治疗时机。