先天性发育不良的原因有胚胎质量不好、药物影响、遗传因素等。
1、胚胎质量不好父母双方的染色体有问题；父母染色体正常，胚胎在形成过程中发生染色体丢失；黄体功能不足，其分泌的孕酮不足以支撑胚胎发育；风湿免疫指标，如抗核抗体及抗磷脂抗体等对胚胎组织进行免疫攻击或阻止胚胎组织的着床等都会引起胚胎质量不好，导致先天性发育不良。
2、药物因素着床前期用C级、D级以及X级的药物，如甲氨蝶呤，马利兰，环磷酰胺等影响母体的内分泌及代谢等，可通过胎盘屏障间接影响胎儿，影响胎儿的分化和发育，严重者导致胎儿畸形及功能障碍，与用药时胎龄密切相关。
3、遗传因素遗传因素会直接影响身体的激素分泌紊乱或激素分泌低下。如生长激素分泌低下，则表现为身材矮小；性刺激分泌低下，则表现为乳房发育不全或阴茎短小等。