肝内胆管细胞癌是恶性程度很高的肿瘤，根据分期不同，恶性程度不同、患者的生存时间也有区别。从分期角度讲，早期的肝内胆管细胞癌患者能够进行手术切除，其5年生存率在25-35%左右。
而晚期的肝内胆管细胞癌的生存期仅有3-6个月的时间。从生物恶性程度来看，高分化胆管细胞肿瘤的患者生存时间较长，有些经过正规治疗的患者生存时间可长达二十多年。
而低分化的胆管细胞癌的患者，由于生物恶性程度较高，其生存时间有限。另外，患者生存时间与术后治疗有关，术后需进行放疗、化疗、靶向治疗，可以以延长寿命。